Neo's Reise war abgeschlossen. Es wurde Frieden zwischen Maschinen und Menschen vereinbart. Die Menschen wurden vor Agent Smith im dritten Teil gerettet. Die Matrix soll weiterbestehen, dafür lassen die Maschinen die Menschen in Ruhe.
Nun wird irgendeine halbgare Story vorgebracht das die Maschinen aufgrund geringer Energieausbeute Krieg gegeneinander geführt haben und sich einige Maschinen sogar an die Menschen gewendet haben um mit Ihnen zu leben und dadurch eine neue versteckte Stadt gegründet. Währendessen ergreift ein Programm (Neil Patrick Harris) die Kontrolle weil es eine neue Matrix kreiert (eine die Menschen immer mehr in Depressionen wirft) und Neo als auch Trinity wiederbelebt weil beide besonders viel Energie abgeben würden. Beide dürfen aber keinen direkten Kontakt haben weil sonst die besonderen Kräfte von beiden zu stark werden und wieder die Matrix sprengen, also hält er beide auf Abstand.
Damit erzeugt er für Neo die Persona eines Schizophrenen Spiele-Entwicklers der bei Neil Patrick Harris in Behandlung ist, weil immer wieder Erinnerungsfragmente hervortreten und Trinity ist einfach eine Mutter von drei Kindern und verheiratet und beide sehen sich ab und an zufällig beim gleichen Kaffee.
Soweit so normal würde ich sagen. Der Frieden scheint von beiden Parteien auch eingehalten zu werden, es sei den einer von beiden dringt in das Gebiet der anderen vor.
Dann spielt die Handlung 60 Jahre nach den Ereignissen des 3. Teils. Irgendeine unbekannte Kapitänin sucht nach Neo. Einfach weil diese Story, diese Legende cool ist. Sie findet Morpheus, aber nicht den echten Morpheus. Sondern ein Agenten Programm das umprogramiert wurde Morpheus zu sein. Wieso?
Angeblich ist dies teil des Spiels das Neo entwickelt. Was halt keinen Sinn macht wenn es ein einfaches PC Spiel unserer Welt ist. Der echte Morpheu Darsteller macht nicht mit und wird nur am Rande erwähnt und mit einer Statur gewürdigt die Menschen nach dem frischen Frieden geleitet zu haben.
Danach versucht man auf Krampf Neo von der Matrix zu trennen.
Es gibt im Grunde keinerlei Motivation von außen Neo und Trinity aus der Matrix zu trennen. Beide sind für die echte Welt gestorben damit es Frieden geben kann. Dazu kommen so Schwachsinnigkeiten wie der Morpheus-Klon und der Krampfhafte Versuch an die alten Teile zu erinnern während nur sehr wenige Darsteller von damals noch da sind. So spielt Agent Smith eine Rolle in dem ganzen, aber es ist ein gänzlich anderer Darsteller und beantwortet die Frage nicht: Wenn Smith die Anti-Thesis zu Neo ist und beide zusammen sich gegenseitig aufheben, was macht er dann hier? Ist das nicht gefährlich für die existenz der neuen Matrix?